Pantsar dynamics
Johtajat
Pantsar dynamics -tutkimusryhmä on kiinnostunut farmaseuttisesti relevanttien proteiinien (eli potentiaalisten lääkeainekohteiden) ja pienimolekyylisten lääkeaineiden dynaamisista vuorovaikutuksista. Tutkimme sekä proteiinien että proteiini–lääkeaineiden välisiä vuorovaikutuksia.
Tutkimme myös aktiivisesti vesimolekyylien roolia liittyen näihin vuorovaikutuksiin ja kuinka vesimolekyylejä voisi hyödyntää lääkeainekehityksessä.
Tutkimuksessamme hyödynnämme molekyylidynamiikkasimulaatioita ja muita tietokoneavusteisen lääkeainesuunnittelun menetelmiä, joiden avulla saamme parempaa ymmärrystä näistä vuorovaikutuksista yksityiskohtaisesti aivan atomien tasolla.
Tärkeimmät tutkimuskohteemme ovat:
- Ras GTPaasi -proteiinit
- Proteiinikinaasit
Molemmat näistä proteiiniperheistä ovat avainasemassa monimutkaisissa solujen sisäisissä signalointijärjestelmissä. Nämä proteiinit ovat erittäin lupaavia lääkeainekohteita useissa eri sairauksissa, kuten esimerkiksi erilaisissa syöpäsairauksissa. Molempiin näistä tutkimuskohteistamme on jo myös olemassa tällä hetkellä kliiniseen käyttöön hyväksyttyjä lääkeaineita.
Yhteistyö
Julkaisut
7 kappaletta-
In Silico Evaluation of the Thr58-Associated Conserved Water with KRAS Switch-II Pocket Binders
Leini, Renne; Pantsar, Tatu. 2023. Journal of chemical information and modeling. 63: 1490-1505 -
Decisive role of water and protein dynamics in residence time of p38α MAP kinase inhibitors
Pantsar, Tatu; Kaiser, Philipp D; Kudolo, Mark; Forster, Michael; Rothbauer, Ulrich; Laufer, Stefan A. 2022. Nature communications. 13: . 569 -
Regulatory spine RS3 residue of protein kinases: a lipophilic bystander or a decisive element in the small-molecule kinase inhibitor binding?
Shevchenko, Ekaterina; Pantsar, Tatu. 2022. Biochemical society transactions. 50: 633-648 -
Addressing a Trapped High-Energy Water: Design and Synthesis of Highly Potent Pyrimidoindole-Based Glycogen Synthase Kinase-3ß Inhibitors
Andreev, Stanislav; Pantsar, Tatu; Tesch, Roberta; Kahlke, Niclas; El-Gokha, Ahmed; Ansideri, Francesco; Grätz, Lukas; Romasco, Jenny; Sita, Giulia; Geibel, Christian; Lämmerhofer, Michael; Tarozzi, Andrea; Knapp, Stefan; Laufer, Stefan A.; Koch, Pierre. 2021. Journal of medicinal chemistry. 2022; 65: 1283-1301 -
KRAS(G12C)-AMG 510 interaction dynamics revealed by all-atom molecular dynamics simulations
Pantsar, Tatu. 2020. Scientific reports. 10: 11992 -
The current understanding of KRAS protein structure and dynamics
Pantsar, Tatu. 2019. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2020; 18: 189-198 -
Assessment of mutation probabilities of KRAS G12 missense mutants and their long-timescale dynamics by atomistic molecular simulations and Markov state modeling
Pantsar, Tatu; Rissanen, Sami; Dauch, Daniel; Laitinen, Tuomo; Vattulainen, Ilpo; Poso, Antti. 2018. PLoS computational biology. 14: e1006458