Uusi yhteiseurooppalainen European Reference Genome Atlas (ERGA) -tutkimusaloite tähtää maanosan eliölajien vertailugenomien kartoittamiseen. Tutkimusaloite on julkistettu uusimmassa Nature-tiedelehdessä.
ERGAn tutkimusyhteisön tavoite on tuottaa korkealaatuista tietoa aitotumallisten eliölajien verrokkigenomeista. Tutkimus lisää samalla ymmärrystä eurooppalaisen luonnon monimuotoisuudesta: arvioiden mukaan noin viidennes Euroopan noin 200 000 eliölajista on vaarassa kuolla sukupuuttoon.
Tutkimusaloitteeseen osallistuvat Itä-Suomen yliopiston ympäristö- ja biotieteiden laitoksen tutkijat. Ensimmäistä aloitteeseen selvitettyä suomalaista genomia edustaa ilomantsilainen metsäjänis. Genetiikkaan keskittyneen tutkimusjohtajan Jaakko Pohjoismäen mukaan myöhemmin tänä vuonna julkaistava genomi tulee edustamaan metsäjäniksen perimän kansainvälistä standardia.
Metsäjäniksen perimän osalta tutkijoita kiinnostaa erityisesti metsäjäniksen risteytyminen rusakon kanssa, mutta perimän kartoittaminen tulee hyödyttämään myös lajin uhanalaisten populaatioiden suojelua ja ymmärtämään lajin sopeutumisen edellytyksiä ilmastonmuutokseen.
– DNA-sekvensointimenetelmien kehittyminen on tehnyt eliöiden perimän emäsjärjestyksen selvittämisestä arkipäiväistä. Tyypilliset sekvensoidut perimät ovat kuitenkin hyvin rikkonaisia, jolloin emme tiedä esimerkiksi, mistä kromosomista jokin sekvenssi on peräisin. Referenssi- tai verrokkiperimät kootaan puolestaan kromosomeittain, ja samalla selvitetään niiden geenisisältö. Eroa voi verrata siihen, että Kalle Päätalon Iijoki-romaanisarja olisi olemassa yksittäisinä sivuina sekaisin tai valmiina niteinä hyllyssä. Molemmissa on toki sama tieto, mutta toisen hyödynnettävyys on täysin omaa luokkaansa. Jatkossa mikä tahansa hajanainenkin sekvenssitieto voidaan koota ja sen sisältö selvittää vertaamalla tätä olemassa olevaan verrokkiperimään, mikä nopeuttaa ja parantaa tutkimusta, kertoo Pohjoismäki.
ERGA-yhteisö tähtää tehokkaampaan verrokkigenomien tuotantoon kehittämällä tutkimusmenetelmiä ja jakamalla tietoa. Tutkijoiden työ tulee mahdollistamaan genomisen tiedon yhteiskäytön ja saavutettavuuden luonnon monimuotoisuuden suojelussa ja ennallistamisessa.
Tutkimusta ohjaavat tieteellisen toiminnan avoimuuden ja eettisyyden kansainväliset FAIR- ja CARE-periaatteet sekä uhanalaisen biodiversiteetin priorisointi. Verrokkigenomien kartoituksen tavoite on tasapainoinen taksonominen, maantieteellinen ja elinympäristöllinen edustus.
Lisätietoa European Reference Genome Atlas (ERGA) -aloitteesta verkossa: https://www.erga-biodiversity.eu/. Nature-lehden artikkeli ja kirjoittajat verkkosivuilla.
