Monitieteinen syöpätutkimus (CANCER) -tutkimusyhteisö pohjautuu Itä-Suomen yliopiston ja KYSin syövänhoitokeskuksen translationaaliseen syöpätutkimukseen. Tutkimusyhteisöön kuuluu sekä perustutkijoita että potilastyötä tekeviä kliinisiä tutkijoita. Kokoamme yhteen syövän molekyylimekanismien, genomiikan ja kvantitatiivisen kuvantamisen osaamisen sekä diagnostiikan ja hoidon kliinisen asiantuntemuksen. Tavoitteenamme on edistää yksilöllistä lääketiedettä syövän hoidossa. Selvitämme myös syövän aiheuttamaa terveystaloudellista haastetta. Datatieteen keinoin etsimme syöpiin liittyviä poikkeavia havaintoja esimerkiksi kuvia, omiikkatietoa ja rekisteritietoa sisältävistä potilasaineistoista. Kehitämme tekoälypohjaisia menetelmiä, jotka pystyvät paremmin arvioimaan sairastumisriskiä ja potilaan ennusteeseen liittyviä tekijöitä. Itä-Suomen Biopankki ja Pohjois-Savon tietoallas palvelevat tutkimusta näytekokoelmilla ja kliinisillä tiedoilla.
Erilaisilla genomiikan ja kuvantamisen menetelmillä voidaan profiloida syöpänäytteitä. Näistä profiloinneista syntyy laaja määrä dataa, joka vaatii laskennallista datan analysointia. Me hyödynnämme tilastotiedettä ja koneoppimista syövän ominaisuuksien tutkimiseen, kuten toistuvien mutaatioiden ja immuunisolujen kertymisen havaitsemiseen.
Merja Heinäniemi
Professori
Tutkimuksen painopisteet
Hoitoresistenssin ja syövän synnyn solu- ja molekyylitason mekanismit
- Tunnistamme molekyylimekanismien tutkimuksen kautta uusia lääkekohteita ja biomarkkereita
- Mallinnamme syöpien hoitovastetta genomin- ja epigenominlaajuisen tutkimuksen ja molekyylitason kuvantamisen työkaluilla
- Tutkimme lääkkeiden vaikutusta syöpien geeniohjelmiin sekä proteiini-proteiini- ja proteiini-geeni-vuorovaikutuksiin
Syövän ennaltaehkäisy ja kliinisen hoidon arviointi itäsuomalaisessa populaatiossa
- Yhteistyö FICAN-East -keskuksen kanssa
- Rintasyövän ehkäisy tekoälyavusteisen mallintamisen avulla
- Lymfooma- ja leukemiapotilaiden hoito
- Täsmäsädehoito
- Datatiede: Poikkeuksellisten syöpätautialaryhmien tunnistaminen yhdistetyistä biopankki- ja kliinisistä tiedoista
Soveltavaan datatieteeseen perustuva älykäs lääkeaineen kohdistaminen syövän hoidossa
- Lääkeaineen mallintaminen
- Kliinisten genomiikkatietojen kehittyneet analysointityökalut syövän hoidossa
Tutustu yhteisöömme
- Goffart Steffi, Pohjoismäki Jaakko: Mitochondrial Biology
- Hartikainen Jaana: Non-coding RNAs in breast cancer
- Heinäniemi Merja: Bioinformatics - systems genomics
- Ketola Kirsi: Cancer Cell Plasticity
- Latonen Leena: Cancer Stress Biology
- Levonen-Harju Anna-Liisa: Redox Signaling
- Mannermaa Arto: Kuopio Breast Cancer Study
- Miettinen Pauli: Algorithmic Data Analysis
- Naarala Jonne: Radiation and Chemicals Research Group
- Niskanen Einari: Regulatory mechanisms of steroid receptors
- Paakinaho Ville: Transcription factor crosstalk in cancers
- Palvimo Jorma: Steroid receptors and SUMO modifications
- Pasonen-Seppänen Sanna: Molecular mechanisms of tumor-stroma interaction
- Rilla Kirsi: Extracellular vesicles
- Tollis Sylvain: Quantitative cell biology
- Vehviläinen-Julkunen Katri: Cancer Care and Family
